Comme le titre l'indique, les organisations secrètes ne sont pas connues du grand public, c'est un domaine flou, que certaines personnes pourront découvrir au fil des aventures, mais il est clair que, pour ceux qui s'intéressent à la vie d'Arkham, des individus généralement mal intentionnés se regroupent pour former des cultes ou des groupes malsains, que la police traque.