Célèbre - et seule - université d'Arkham, Miskatonic est située dans le quartier Sud-ouest.
Juste à côté, on y trouve un très grand, et très beau, parc. L'université est un point essentiel de la vie d'Arkham.
Miskatonic est réputée pour ses études proposant de nombreux cursus, visions, et recherches de la magie occulte, du paranormal et des mystères de notre monde.
Bien que ces études soient les plus populaires, on peut également retrouver plusieurs départements consacrés aux sciences, comme la Biologie, la Physique ou la Météorologie.
Le célèbre Sean Conwait travaille là-bas, professeur et chercheur exemplaire.
L'université est dirigée par deux personnes, le professeur Armitage, et Edgar Signfall, qui assurent le bon déroulement des cours, des recherches, des liaisons avec les autres villes - principalement Dunwich - ainsi que les nombreuses expéditions organisées par l'université.
Une des dernières expéditions, la plus connue, et pas en bien, de Miskatonic fut une expédition pour le cercle polaire antarctique pour procéder à des forages en 1930. Financée par de nombreuses personnes célèbres, venant des quatre coins du monde et qui ont tout fait pour faire effacer leurs nom de la liste, l'expédition s'est soldée par un échec, et la disparition d'une partie de l'équipe.
Cependant, l'université est toujours respectée, entre autres grâce à la bibliothèque, et ses ouvrages occultes inédits. Seule une partie de la bibliothèque est accessible au public et aux étudiants.